Conda介绍

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

下载&安装

conda官网：https://conda.io/miniconda.html

linux或mac ox版本：

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了

添加频道

官方频道

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

其他：

conda config --add channels genomedk

显示安装的频道

conda config --set show_channel_urls yes

查看已经添加的channels

conda config --get channels

已添加的channel在哪里查看

vim ~/.condarc

创建环境

如创建一个python2.7环境且名为mysite

conda create -n mysite python=2.7

激活、退出环境

激活：
windows环境下不用加conda前缀，mac及旧版本下可能需要使用source activate

conda activate mysite

退出：
同激活

conda deactivate mysite

删除环境

conda remove -n mysite --all

重命名环境

把一个原来叫做py2的环境重新命名成python2：

conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all